De vigtigste forskelle er, at ETF´er typisk har lavere omkostninger end de danske investeringsforeninger, og at alle ETF´er er lagerbeskattet med årlig beskatning, mens investeringsforeninger kan være både realisations- og lagerbeskattet, se skatteoverblik.
De fleste ETF´er er passive (investeringerne følger et indeks), mens størstedelen af de danske investeringsforeninger er aktivt forvaltede og forsøget at give et afkast højere eller som minimum på højde med markedet.
Det er vigtigt at være opmærksom på de samlede omkostninger. Ved køb af ETF´er er der typisk også vekselomkostninger til handelsvalutaen for ETF samt nogle banker højere depotomkostninger end for danske investeringsforeninger (dog ikke Nordnet og Saxo).
De fleste europæiske ETF-fonde er UCITS ETF, dvs. både ETF´er og investeringsforeninger følger det samme EU-regelsæt for investorbeskytttelse med hensyn til investeringsrammer, spredning af værdipapirer, og likviditetsstyring mv.
Der er forskel på, hvordan investeringsbeviserne handles og hvor ofte indre værdi stilles. De danske børsnoterede investeringsfonde benytter dobbeltprismetoden, hvilket vil sige, at der et maksimalt tillæg og fradrag til indre værdi ved køb og salg. De maksimale satser kan ses i Central Investorinformation. De danske fonde kan anmode om børspause, hvis der er stor uro på finansmarkederne. I ETF´er er der ingen børspause ved markedsuro, så investeringsfondene kan altid handles, men spreads (forskel på bud og udbuskurser fra indre værdi) kan til gengæld risikere at blive høje, særligt ETF´en er mindre likvid. Normalt er spreds i ETF´er dog meget lave, særligt i de store og mest populære ETF´er. Indre værdi i ETF´er til brug for børshandel stilles oftest kontinuerligt over dagen (også ved brug at indikative NAVs, som også betegnes iNAVs), og hyppigere end i de danske børsnoterede fonde, hvor indre værdi skal oplyses mindst 3 gange dagligt, samt ved større ændringer i indre værdi.
Mange UCITS ETF´er foretager værdipapirudlån, hvilket giver en modpartsrisiko (risiko for at papirerne ikke leveres tilbage), mens kun en lille del af investeringsforeningerne foretager værdipapirudlån.